Фамилия Белишкин — одна из тех, где сразу бросается в глаза корень -бел-. Это сразу указывает на прозвище, связанное с белым цветом: светлые волосы, бледная кожа, привычка носить белую одежду. В русской ономастике такие прозвища были делом обычным — достаточно вспомнить фамилии Белов, Беляев, Белкин. Но у Белишкиных есть своя особенность: суффикс -шк- (Белишка) придаёт прозвищу уменьшительно-ласкательный или даже пренебрежительный оттенок. Так могли назвать младшего в семье, светловолосого мальчика или человека небольшого роста с белесой внешностью. Потомок этого Белишки и стал Белишкиным — фамилия закрепилась по отчеству, как и большинство русских фамилий на -ин.

По модели образования Белишкин — типичная «патронимическая» фамилия: отвечает на вопрос «чей?» (чей сын? — Белишкин). Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду конкретного человека. А вот основа Белишк- — это неканоническое, мирское имя или прозвище, которое давали в быту до повсеместного введения фамилий. Такие прозвища не фиксировались в церковных книгах, поэтому точное место и время возникновения фамилии Белишкин сейчас установить сложно — процесс шёл веками, и в разных регионах он мог завершиться в разное время.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных справочниках она не встречается массово, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, Белишкины — потомки одного рода из северных или центральных губерний России, где суффикс -шк- в прозвищах был особенно популярен (сравните: Малышка — Малышкин, Голышка — Голышкин). Встречаются и варианты написания — Белышкин, с буквой «ы» вместо «и», что отражает местное произношение. Это ещё один штрих к истории: фамилия бытовала в устной традиции, и писарь мог записать её на слух.

Если говорить о социальном контексте, то прозвище Белишка не несло дворянского оттенка. Скорее всего, предки Белишкиных были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не попала в родословные книги, а значит, её носители не принадлежали к служилому сословию. Тем не менее, это не умаляет её ценности как памятника славянской письменности и культуры — в ней сохранилась живая народная речь, которая почти не попала в официальные документы.