Фамилия Белышкин образована от прозвища Белышка. В его основе лежит прилагательное «белый», но значение у этого прозвища могло быть не только внешним (светлые волосы или бледная кожа), но и социальным. В Московской Руси «обеленными» называли крестьян или посадских людей, освобождённых от государственных податей и повинностей. Такая льгота давалась за особые заслуги или по царскому указу, и прозвище Белышка могло закрепиться за человеком как раз по этому признаку — как указание на его привилегированное положение среди тяглого населения.

Суффикс -к- в прозвище Белышка — типичный для русских уменьшительно-ласкательных форм личных имён и прозвищ. Он же мог выполнять функцию уничижительности, но в данном случае, скорее, просто смягчал основу. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Белышка → Белышкин, то есть «сын Белышки». Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду конкретного человека, что характерно для фамилий, образованных от основ на -а, -я.

В ономастике встречаются и альтернативные объяснения: прозвище Белышка могли дать чистоплотному человеку или тому, кто носил светлую одежду. Однако социальная версия — связь с «обеленными» крестьянами — выглядит убедительнее, потому что отсылает к конкретному юридическому статусу, который выделял человека среди односельчан. Фамилия Белышкин фиксируется преимущественно в центральных и северных регионах России, где практика «обеленения» была распространена в XVI–XVII веках. Других однокоренных фамилий, таких как Белышев или Белышов, эта ветвь не породила — форма на -кин осталась локальной и редкой.