Фамилия Белышкины образована от прозвища Белышка, которое восходит к слову «белый». В славянской традиции это прозвище могло указывать на внешность — светлые волосы или бледную кожу. Но у слова «белый» был и социальный оттенок: «обеленным» называли крестьянина или посадского человека, освобождённого от податей. Если предок носителя фамилии получил такое освобождение, прозвище Белышка могло закрепиться за ним как напоминание о льготном статусе.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Белышкин значит «сын Белышки». Форма множественного числа Белышкины типична для фамилий, которые бытовали в среде крестьян и мещан: она подчёркивает, что речь идёт о целом роде, а не об одном человеке.

Основа Белышк- — это уменьшительно-ласкательный вариант от «белый». Подобные прозвища на -ышка (ср. Малышка, Чернышка) были распространены в северных и центральных губерниях России. Поэтому географически фамилия Белышкины может быть привязана к этим регионам, хотя точных данных о локализации нет.

В отличие от более частых фамилий на -ов (Белов), вариант с суффиксом -ин и уменьшительной основой встречается реже и звучит архаичнее. Это не отменяет того, что окончательно установить время и место возникновения фамилии можно только при углублённом генеалогическом поиске.