Фамилия Белоградин — редкий случай, когда прозвище, а затем и фамилия образованы не от личного имени или профессии, а от названия города. В основе лежит топоним Белград — столица Сербии, один из старейших городов Европы. Модель образования проста: к основе «Белград» добавили суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «Белоградин» буквально означает «сын (или человек) из Белграда» или «относящийся к Белграду». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от существительных на -а, но здесь он присоединился к основе на согласный, что встречается реже и делает словообразование более архаичным.

Прозвище Белограда могли дать человеку, который побывал в Белграде, торговал с сербами или имел с городом иную прочную связь. В русских документах такие прозвища по городам встречаются с XV–XVI веков: их давали выходцам из чужих земель, купцам, дипломатам или военным, участвовавшим в дальних походах. Белград в бурном прошлом пережил десятки осад и разрушений — его завоевывали 40 армий, и 38 раз его отстраивали заново. Город видел кельтов, римлян, готов, франков, славян и турок. Впервые под сербским названием Белград упоминается в IX веке, а в XI–XII веках им владели болгары, венгры, византийцы и сербы. В 1521 году город захватили турки, а во время австро-турецких войн он трижды переходил к австрийцам (1688–1690, 1717–1739, 1789–1791). С 1806 года Белград стал столицей сербского княжества. Именно в периоды активных контактов России с балканскими народами — во время русско-турецких войн XVIII–XIX веков — прозвище Белограда могло появиться у русских солдат, офицеров или купцов, вернувшихся с Балкан.

Встречается фамилия Белоградин преимущественно в южных и центральных регионах России, что косвенно подтверждает версию о происхождении от топонима: именно через эти земли проходили торговые и военные пути на Балканы. Однокоренные фамилии — Белградский, Белградов, Белоград — встречаются реже, но все они восходят к тому же источнику. Ошибочно связывать фамилию с русским словом «белоград» (в значении «белый город»): такой лексемы в русском языке не зафиксировано, а топоним Белград имеет славянскую основу «бел-» (белый) и «-град» (город, крепость), что соответствует названию сербской столицы.