Фамилия Белохонова, скорее всего, — фонетический вариант более распространённой фамилии Белоконова. В основе обеих лежит прозвище Белоконь, которое давали человеку, владевшему белым конём или чем-то напоминавшему этого сказочного и почитаемого зверя. Конь в крестьянском и казачьем быту — не просто животное, а верный друг и кормилец, воспетый в поговорках: «Конь не выдаст, и враг не съест», «Счастье на коне, бессчастье под конем». Потомок человека с прозвищем Белоконь со временем получил фамилию Белоконов, а из-за особенностей произношения — «х» вместо «к» — закрепился вариант Белохонов.

Фамилия встречается в документах. В Книге памяти Республики Беларусь записан колхозник Белохонов Дмитрий Борисович 1889 года рождения из деревни Норки Чериковского района Могилёвской области. Известен и Илья Владимирович Белохонов (1898–1987) — доктор сельскохозяйственных наук, директор НИИ плодоводства в Мичуринске, автор свыше 100 научных работ и двух учебников по плодоводству. Так что фамилия хранит не только память о прозвище предка, но и следы реальных судеб — от крестьянина до учёного.