Фамилия Болохонова — женская форма фамилии Болохонов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В ней нет привычного суффикса -ин или -ов, который обычно указывает на прямое родство («чей?» — сын Ивана, Иванов). Суффикс -онов здесь наращивается на основу, и это сразу подсказывает, что корень фамилии — не личное имя, а скорее всего прозвище или географическое название.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с рекой Болохонкой или местностью Болохон. В старых писцовых книгах встречаются названия сел и речек с корнем «болохо» — это диалектное слово, родственное «болото», «влажность», «мокредь». В говорах северных и центральных губерний «болохон» могло означать топкое, сырое место, болотину. Человек, живший у такой речки или на болоте, мог получить прозвище Болохон, а его потомки — фамилию Болохоновы.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: связь с тюркским словом «балык» (рыба) через искаженное «балыхан» — так называли рыбаков или торговцев рыбой в некоторых диалектах. Но для этого нет надежных лингвистических подтверждений, и большинство ономастов (в частности, в традиции словаря Б. Унбегауна) склоняются к славянской топонимической основе.

По сословному составу Болохоновы не были исключительно дворянами или крестьянами — фамилия встречалась в разных слоях, но чаще всего в среде крестьян и однодворцев южных губерний (Тамбовская, Рязанская, Воронежская). Там как раз много болотистых низин и речушек с похожими названиями. В писцовых книгах XVII века упоминаются крестьяне Болохоновы в Шацком уезде — это одно из ранних документальных свидетельств.

Таким образом, фамилия Болохонова — не про «болото» в прямом оскорбительном смысле, а про место жительства предка: он был «болохонский», то есть с Болохона или с болотистой речки. Со временем географическая привязка превратилась в родовое имя.