Фамилия Болохонцев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все другие версии. Корень «Болохон-» прямо указывает на топоним: Болохна (или Болохня). Так в старину называли город Балахну (ныне в Нижегородской области) на местных говорах, с характерным «оканьем» и переходом «а» в «о». Житель Балахны — болохонец, а его потомок — Болохонцев. Форма с суффиксом -цев типична для фамилий, образованных от названия жителя по месту: «сын болохонца».

Модель образования проста и прозрачна: прозвище или именование по месту жительства → отчество в притяжательной форме на -ов → фамилия. Суффикс -ев здесь закономерен: основа «Болохонц» оканчивается на мягкий согласный «ц», поэтому по правилам русского языка пишем -ев, а не -ов. Никакой путаницы с «Болохонцов» быть не должно — это одна и та же фамилия в разных орфографических вариантах, встречающихся в дореволюционных записях.

Есть и более экзотическая версия: связь с диалектным словом «болохна» — так в некоторых говорах называли толстую, неуклюжую женщину или, реже, ленивого человека. Однако против этой гипотезы говорит суффикс -ц-: от нарицательного «болохна» скорее образовали бы «Болохнин» или «Болохнов». Форма «Болохонец» (житель Балахны) выглядит намного естественнее и подтверждается исторической логикой: Балахна была крупным соляным и торговым центром, оттуда люди расходились по всей Волге и Оке.

Географически фамилия тяготеет к Нижегородской области и соседним регионам Поволжья, хотя отдельные носители встречаются и за Уралом — следствие переселений после отмены крепостного права и в советское время. Сословного барьера у фамилии не было: Болохонцевыми могли быть и крестьяне, и купцы, и духовенство — всё зависело от того, в какой среде осел конкретный «болохонец». Фамилия недворянская, типично крестьянско-мещанская, что подтверждается её «географической» моделью, а не «владельческой» (типа князей Болохонских).