Фамилия Болобонцев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а звукоподражательное прозвище, причём с явно ироничным оттенком. Корень здесь — «болобон», который в русских говорах означает пустой звук, болтовню, а иногда и бестолкового, говорливого человека. Сравните с однокоренными «балабон», «балаболка» — все они восходят к глагольному междометию «бал-бал», имитирующему неразборчивую речь. Прозвище Болобон давали тому, кто много и попусту болтал, или, по другой версии, человеку с громким, зычным голосом.

Суффикс -ев указывает на стандартную модель русских фамилий: Болобонцев — это «чей?» — сын или потомок Болобона. Форма на -цев, а не на -ов, встречается реже и обычно связана с диалектными особенностями произношения (цоканье) или с патронимическим суффиксом -ец, который в родительном падеже даёт -ца, отсюда и фамилия на -цев. То есть первоначально отчество звучало как «Болобонцев сын», где «Болобонец» — уменьшительная или обиходная форма от Болобон.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям: её фиксируют в старых переписях Курской, Орловской, Тамбовской губерний. В этих краях слово «болобон» бытовало в значении «пустомеля» или «колокольчик» (от звукоподражания «бол-бол» — звону). Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: прозвище могли дать звонарю или человеку, который носил колокольчик (например, пастух или ямщик).

Сословного барьера у фамилии не было: Болобонцевыми могли быть и крестьяне, и мещане, и однодворцы. Среди однодворцев (особого сословия южных окраин) фамилия встречается чаще — там и прозвища были ярче, и звукоподражательные формы приживались легче. В дворянских родословных книгах Болобонцевы не значатся — это фамилия простого люда, где прозвище метко схватывало главную черту человека.

В написании возможна вариативность: в дореволюционных документах встречается Болобонцов (с буквой «о» вместо «е» перед -цев) — это результат акающего произношения, когда безударный звук писался на слух. Современная форма закрепилась как Болобонцев, но оба варианта — одна и та же фамилия.