Фамилия Болобонов образована от прозвища Болобон. В его основе лежит слово «балабон» (или «балабан»), которое в русских говорах имело несколько значений: «болтун», «шалун», «повеса», «шутник» или «острослов». Скорее всего, так прозвали человека бойкого, говорливого, склонного к шуткам и розыгрышам. Это указание на особенности характера — самое прямое и распространённое объяснение фамилии.

Менее вероятно, но возможно, что прозвище связано с названием птицы — балабан (вид сокола). У многих народов существовала традиция давать людям имена и прозвища по названиям животных и птиц, и в этом случае прозвище могло отражать не характер, а, например, внешность, манеру поведения или даже пожелание быть таким же ловким и зорким, как эта птица. Однако связь с «болтуном» выглядит более естественной для бытового прозвища.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе прозвища Болобон добавился патронимический суффикс -ов. В прямом значении Болобонов — «сын Болобона». Такая модель в XVI–XVII веках была основной для формирования фамилий у крестьян, посадских людей и духовенства, поэтому Болобоновы могли принадлежать к любому из этих сословий. Фамилия встречается в разных регионах, что говорит о самостоятельном возникновении в нескольких местах, а не о едином родовом гнезде.