Фамилия Болобонова — женская форма фамилии Болобонов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Болобон. Само слово «болобон» — это диалектный вариант более распространённого «балабон» или «балабан». В русских говорах у этого слова несколько значений, и все они описывают человека по складу характера: болтун, шалун, повеса, шутник или острослов. Так что прозвище Болобон, скорее всего, указывало на живого, общительного и не слишком серьёзного человека.

Однако есть и другая, менее очевидная версия. Слово «балабан» в некоторых диалектах означало также крупную хищную птицу — так на юге России и в Сибири называли беркута или сокола-балобана. У многих народов были распространены имена и прозвища, образованные от названий животных и птиц, — они могли даваться по внешнему сходству, повадкам или как оберег. В этом случае Болобон могло быть не столько прозвищем, сколько личным именем-прозванием, которое закрепилось за человеком как основное.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ов присоединялся к основе прозвища, оканчивающейся на твёрдый согласный. Форма Болобонова — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чья?», то есть «дочь или жена человека по прозвищу Болобон». В документах фамилия могла встречаться и в мужском варианте Болобонов, который фиксируется, например, в переписных книгах XVII века по Вятке и Пермскому краю. Это позволяет предположить, что географически фамилия зародилась именно в северорусских землях, где диалектное «болобон» было в ходу.

С точки зрения словообразования фамилия Болобонова стоит в ряду однокоренных: Болобанов, Балабонов, Болобонов. Все они восходят к одному корню, но различаются огласовкой — чередованием «о/а», что характерно для русских говоров. Встречается и вариант с двойным «н» — Болобоннов, но он редок и, вероятно, возник из-за позднейшей канцелярской ошибки при записи.