Фамилия Болобонов происходит от прозвища Болобон. В его основе лежит нарицательное «балабон» или «балабан» — слово с несколькими значениями. Им называли болтуна, шалуна, повесу, шутника или острослова. Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком с живым, общительным и несерьёзным нравом — такая черта сразу бросалась в глаза и легко становилась уличным именем.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов: Болобон + ов = Болобонов, то есть «сын Болобона» или «потомок Болобона». Форма множественного числа — Болобоновы — указывает на целый род, а не на одного человека.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает прозвище с названием птицы балабан (вид сокола). У многих народов имена от названий животных и птиц были в ходу: они могли указывать на внешность, повадки или быть обережными именами. Однако в случае с Болобоном первое значение — «болтун» — встречается в говорах чаще и выглядит более естественным для бытового прозвища.

Фамилия встречается в разных регионах, но заметный след оставила на юге России, особенно в казачьих областях. В списках донских и кубанских казаков за XIX век фамилия Болобонов фиксируется неоднократно — это даёт основание предполагать, что род имел казачье корни. В словаре донских фамилий упоминается урядник Болобонов, служивший в станице Усть-Медведицкой, что подтверждает эту привязку.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно: прозвища входили в обиход постепенно, и фамилия могла закрепиться в одном роду раньше, в другом — позже. Окончательные выводы о месте и дате появления возможны только после серьёзного генеалогического исследования конкретной ветви Болобоновых.