Фамилия Болохонов — вариант более известной фамилии Балахонов. В её основе лежит слово «балахон»: старинная крестьянская верхняя одежда свободного покроя из холста или парусины. Прозвище Балахон, скорее всего, указывало на социальное положение человека — крестьянина, носившего такую одежду.

Есть и другая версия: прозвище могли дать по названию местности. Топонимы Балахна, Балахновка, Балахновское встречаются в разных регионах. Если предок был выходцем оттуда, его и прозвали Балахоном. В этом случае значение прозвища могло сместиться: в говорах «балахон» иногда называли дровосека или, наоборот, небрежного, невнимательного человека.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе на -он добавили суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок». В XV–XVI веках такие фамилии закреплялись за семьями, подчёркивая родовую принадлежность. В написании Болохонов отразилась типичная для русских говоров мена гласных: «а» перешло в «о» под влиянием аканья или просто в результате бытового произношения.