Фамилия Болохина — женская форма фамилии Болохин, а та, в свою очередь, образована от личного прозвища или имени Болоха. Основа здесь — древнерусское слово «болохо» или «болоха», которое в разных говорах имело два основных значения. Первое — «мокрый, сырой, болотистый» (родственное слову «болото»). Второе, более редкое, — «плут, обманщик» или же «неповоротливый, неуклюжий человек» (от глагола «болохнуть» — ударить, стукнуть, но в переносном смысле — сделать что-то невпопад). В некоторых регионах «болохой» называли также крупную блоху, что могло стать прозвищем для суетливого или мелкого человека.

Изначально Болохин — это не фамилия в современном смысле, а отчество или притяжательное прилагательное: «чей сын?» — Болохов, то есть сын Болохи. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду конкретного человека, что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по мирским именам и профессиям, -ин чаще закреплялся за прозвищами, оканчивающимися на согласный или -а.

Стоит обратить внимание на географию. Фамилия Болохина встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в бывших Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. Это не случайно: именно там слово «болохо» в значении «болотистое место» было особенно употребительно. В южных говорах, где преобладало «болото» и «болотный», фамилия почти не фиксируется. Таким образом, предок носительницы фамилии мог жить у болота или на сырой низине — прозвище давалось по месту жительства, а не по характеру.

Встречается и альтернативная версия, связывающая Болохин с тюркским именем Болок (от «бол» — будь, стань), но она слаба: русская словообразовательная модель с суффиксом -ин на тюркской основе — редкость, и для этого нет убедительных исторических свидетельств. Куда правдоподобнее считать Болохина «болотной» фамилией — простой, бытовой, без претензий на знатность. Среди носителей фамилии не было известных дворянских родов или деятелей культуры, вошедших в энциклопедии, что только подтверждает её народное, крестьянское происхождение.