Фамилия Белункин — редкий образец русской фамилии, образованной не от имени или профессии, а от прозвища, связанного с внешностью или повадками животного. В её основе лежит слово «белунка» или «белун» — так в народе называли белую лошадь, корову или другое животное светлой масти. Суффикс -кин указывает на принадлежность: Белункин буквально означает «сын Белунки» или «потомок того, кого прозвали Белункой». Такая модель типична для восточнославянских фамилий, где основой служило не крестильное имя, а бытовое прозвище.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев или жителей северных губерний, где слово «белун» фиксировалось в говорах как название белого гриба или даже как ласковое обращение к светловолосому ребёнку. Однако наиболее вероятная версия — прозвище по масти скота. В крестьянском быту корову или лошадь нередко кликали по окрасу, а затем это прозвище переходило на хозяина: «Вон Белунка пошла» — так могли сказать про белую бурёнку, а её владельца в деревне начинали звать Белункиным.

Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной. Скорее всего, её носители — выходцы из северных или центральных областей России, где сохранялись архаичные прозвищные формы. В дворянских родословных книгах Белункины не числятся: фамилия крестьянская или мещанская, возникшая не в канцеляриях, а в живой речи. По данным современных справочников, она встречается единично, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — если вы Белункин, ваши предки почти наверняка жили в одном конкретном селе или волости.