Фамилия Бельзер — одна из тех, что указывает на географическое происхождение своего первого носителя. Скорее всего, её дали человеку, который перебрался на новое место из немецкого города Бельзен, расположенного в земле Баден-Вюртемберг. Такие фамилии-топонимы были удобным способом идентифицировать чужака: «Иван из Бельзена» со временем превращался просто в Ивана Бельзера.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с коммуной Бильзен (Bilsen) в земле Шлезвиг-Гольштейн. Разница в написании могла стереться при записи фамилии в русских документах или при переезде носителя через несколько поколений.

Словообразовательно фамилия проста: корень «Бельз-» (от названия города) плюс типичный немецкий суффикс -er, который в таких фамилиях указывает на принадлежность к месту. То есть Belzer — «бельзенец», «житель Бельзена». Такая модель образования (топоним + -er) — одна из самых распространённых в немецкой ономастике: Бамбергер, Нюрнбергер, Гамбургер.

Иногда фамилии на -ер искусственно присваивали евреям в Австрийской империи и Пруссии в конце XVIII — начале XIX века. Но в отличие от составных «декоративных» фамилий вроде Вейценбаум («пшеничное дерево») или Цигенбаум («козье дерево»), Бельзер — это именно географическая фамилия, без искусственной символики. Она прямо говорит о месте, откуда человек был родом, и не несёт дополнительного смыслового слоя.

В России фамилия редкая. Встречается в основном у потомков немецких колонистов, переселявшихся в Поволжье и Новороссию в XVIII–XIX веках, а также у еврейских семей, живших на западных территориях империи. Различить эти две линии по одной только фамилии невозможно — нужно смотреть на регион и конфессию предков.