Фамилия Бенедикайте образована от крестильного имени Бенедикт, что в переводе с латыни значит «благословенный». Суффикс –кайте указывает на прибалтийское (литовское) происхождение фамилии Бенедикайте. Тем не менее, для некоторых фамилий литовского происхождения этимология устанавливается с несомненной подлинностью.