Фамилия Бенидзе — одна из тех, что сразу указывает на грузинское происхождение. Её выдает характерный суффикс -дзе, который в переводе с грузинского означает «сын». В старой Грузии этот патронимический формант был распространен в восточных регионах (Имеретия, Картли, Кахетия) и указывал на принадлежность к роду, а не на сословное положение — его носили и крестьяне, и князья.

В основе фамилии лежит личное имя Бени. Это краткая форма, которая в грузинской традиции чаще всего соответствует библейскому имени Вениамин (в древнееврейском оригинале — Биньямин, что значит «сын правой руки» или «сын любимой жены»). Есть и другая версия: Бени могло быть усеченным вариантом имени Бенцион («сын Сиона»). Какая из них вернее — сказать трудно, но обе связывают фамилию с ветхозаветной традицией, которая через христианство прочно вошла в грузинский именослов.

Сама фамилия строится по простой и прозрачной модели: имя Бени + патронимический суффикс -дзе. Буквально Бенидзе — «сын Бени». Подобные фамилии массово формировались в Грузии в XV–XVII веках, когда закрепилась практика передавать родовое имя по отцу. Фамилия нередкая для Западной Грузии, особенно для региона Гурии, где суффикс -дзе встречается чаще всего.

Из современных носителей известен грузинский спортсмен Джонни Бенидзе (родился в 1990 году). Он выступает в гиревом спорте и установил рекорды в классическом толчке, рывке и в сумме двоеборья в весовой категории до 60 килограммов.