Фамилия Бердакова — женская форма фамилии Бердаков, которая хранит память о прозвище дальнего предка. В основе лежит прозвище Бердак, и тут возможны два совершенно разных объяснения. Первое отталкивается от слова «бердо» — это основная рабочая деталь ткацкого станка, похожая на гребень. Казалось бы, логично связать прозвище с ткацким ремеслом, но в старину «бердо» имело и другое значение: так называли длинный шест или рычаг, который использовали для защиты ворот или как часть осадного орудия. Отсюда и версия, что Бердаком могли прозвать либо стража, либо оружейника, либо бравого воина, умело обращавшегося с таким подручным оружием.

Вторая версия, наоборот, отталкивается от характера. В некоторых говорах «бердак» означало человека робкого, осторожного, осмотрительного — того, кто «берётся» за дело с опаской. Прозвище могло закрепиться за человеком, который проявлял излишнюю осторожность в повседневной жизни, и со временем стало его основным именованием.

Потомок человека по прозвищу Бердак получал фамилию Бердаков — по стандартной русской модели на -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Бердаков, то есть сын или потомок Бердака. Фамилия недвусмысленно говорит о том, что предок нынешних носителей носил это прозвище, а не крестильное имя. Встречается фамилия преимущественно в южных и центральных регионах России, хотя точная география бытования не ограничивается одной областью. В отличие от более распространённых фамилий на -ин, модель на -ов типична для основной массы русских фамилий, и Бердаков — её характерный представитель.