Фамилия Бердаков образована от прозвища Бердак. В её основе лежит слово «бердо» — это основная рабочая деталь ткацкого станка, похожая на гребень. Однако связь с ткацким ремеслом не единственная и, возможно, не самая прямая. В старину «бердо» могло также означать нечто острое, зубчатое, что даёт основание для другой версии: прозвище Бердак мог получить не ткач, а оружейник, изготавливающий гребни для оружия, или стражник, вооружённый чем-то подобным.

Но есть и третий, более неожиданный поворот. В русских говорах слово «бердо» иногда связывали с робостью и осторожностью — возможно, из-за мелкого, частого перебирания нитей. Тогда прозвище Бердак могло закрепиться за человеком осмотрительным и тихим. Такая двойственность значения — от бравого воина до осторожного ткача — встречается в русских прозвищах нередко, и в данном случае обе версии имеют право на существование.

Сама модель фамилии проста: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Бердаков — это «сын Бердака». Фамилия не относится к числу самых частых, но встречается в разных регионах, что говорит о том, что прозвище было довольно употребительным. Похожие фамилии — Бердников, Бердов — образованы от того же корня, но Бердаков стоит немного особняком благодаря суффиксу -ак, который придаёт прозвищу более разговорный, бытовой оттенок.