Фамилия Бердаковы (в документах чаще встречается в форме Бердаков) образована от прозвища или мирского имени Бердак. Его основа — слово «бердо», гребень ткацкого станка, одна из ключевых деталей в работе ткача. Но связь с ремеслом не единственная версия.

Слово «бердо» в древнерусском языке имело и переносное значение — так называли робкого, осторожного человека, который «дрожит», словно бердо в станке. Поэтому прозвище Бердак могло закрепиться и за ткачом, и за оружейником (бердо напоминает гребень для натяжения тетивы), и за человеком с осмотрительным характером. Второй вариант даже правдоподобнее: прозвища по чертам характера давали чаще, чем по малозаметной детали станка.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий — как ответ на вопрос «чей сын?». Бердаков — буквально «сын Бердака». Такая модель в XV–XVII веках вытеснила полуотчества и закрепилась сначала в среде служилых людей, а затем у крестьян и горожан.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским регионам. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Бердаковы на территории современной Рязанской и Тамбовской областей. Встречается она и у донских казаков, что косвенно подтверждает версию о прозвище, данном за воинскую осторожность, а не за ткацкое ремесло.

Интересная деталь: в некоторых говорах «бердак» означало не только деталь станка, но и «болтун», «пустомеля». Если прозвище пошло от этого значения, то предок был человеком говорливым, а вовсе не робким. Спор между версиями остаётся открытым, и без конкретных записей о первом носителе точную причину прозвища не установить.

Фамилия редкая, в списках столбового дворянства не значится. Её носители — в основном крестьяне и мещане, что типично для фамилий, образованных от прозвищ без патронимического суффикса -ский.