Фамилия Бердникова (мужской вариант — Бердников) происходит от прозвища Бердник, которое указывало на профессию предка. Корень -берд- восходит к слову «бердо» — важнейшей части ткацкого станка, напоминающей гребень. Суффикс -ник- в прозвище прямо указывает на мастера: бердник — это человек, который изготавливал или ремонтировал такие гребни для ткацких станов. Таким образом, основатель фамилии был ремесленником, связанным с ткацким производством.

Первые документальные упоминания о фамилии относятся к XVII веку. В труде историка С. Б. Веселовского записан крестьянин Андрей Бердников, живший в 1627 году в городе Белёв (современная Тульская область). Эта ранняя запись показывает, что фамилия сложилась в среде крестьянства и посадских людей центральной России.

Фамилия Бердников образована по классической русской модели: к основе прозвища Бердник добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Бердника». Со временем прозвание закрепилось за потомками как наследственная фамилия.

Бердниковы — довольно популярная фамилия, встречающаяся в архивных источниках разных регионов. Например, в документах Нижегородской области упоминается машинист насосной Балахнинской ГОГРЭС Александр Артемьевич Бердников, родившийся в 1913 году в селе Торопиха. В Книге памяти Курганской области отмечен Климент Иванович Бердников (1873 года рождения) из деревни Верхняя Алабуха. Эти записи подтверждают широкую географию фамилии — от центра до Урала.

Из известных носителей выделяется выдающийся русский богослов Илья Степанович Бердников (1839–1915), специалист по церковному праву. Его деятельность показывает, что потомки ремесленников-бердников могли достигать высот в академической и духовной среде.