Фамилия Бердниковы — одна из тех, что прямо указывает на ремесло предка. Её основа — прозвище Бердник, которое образовали от корня -берд- с помощью профессионального суффикса -ник-. Корень восходит к слову «бердо»: так называли гребень — важнейшую часть ткацкого станка. Значит, бердник — это мастер по изготовлению берд, человек, который делал эти гребни для ткачей. Прозвище закрепилось за основателем рода как основное именование, а затем перешло в фамилию: Бердников — потомок Бердника.

Первые документальные упоминания о фамилии относятся к XVII веку. В трудах ономаста С. Б. Веселовского записан крестьянин Андрей Бердников, который в 1627 году жил в городе Белев (ныне Тульская область). Это одно из ранних свидетельств бытования фамилии в центральной России.

Фамилия Бердниковы довольно популярна и встречается в архивных источниках разных регионов. Например, в документах Нижегородской области упоминается Александр Артемьевич Бердников, 1913 года рождения, машинист насосной Балахнинской ГОГРЭС, уроженец села Торопиха Балахнинского района. В Книге памяти Курганской области отмечен Климент Иванович Бердников, родившийся в 1873 году в деревне Верхняя Алабуга Звериноголовского района.

Из людей, прославивших фамилию, известен Илья Степанович Бердников (1839—1915) — выдающийся русский богослов и специалист в области церковного права. Его труды до сих пор используются в историко-правовых исследованиях.