Фамилия Бердугужин — редкий случай, когда географическая привязка и языковая основа видны почти сразу, стоит лишь отбросить суффикс. В ней слышится не славянский, а тюркский корень, и это главная зацепка для этимолога.

Основа фамилии — «Бердугуж», что, скорее всего, является русской передачей тюркского составного имени. Первая часть «берды» восходит к тюркскому «берди» — «дал», вторая «гуж» — по одной из версий, может быть искажением слова «куж» (сила, мощь) или «куш» (птица). В тюркской ономастике такие конструкции (глагол + существительное) типичны для личных имён-пожеланий: «Бог дал силу» или «Бог даровал (как) птицу». Суффикс «-ин» — русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «чей?» — Бердугужин, то есть сын (или потомок) человека по имени Бердугуж.

Фамилия почти наверняка имеет северокавказское или поволжское происхождение. Подобные имена (Берды, Бердибек, Гуж, Гужев) встречаются у ногайцев, кумыков, казахов и башкир. Скорее всего, предок носителя фамилии был из среды тюркоязычных народов, но в ходе административного учёта (особенно в XIX веке) его имя русифицировали, добавив стандартное окончание. В отличие от фамилий на «-ов» или «-ев», суффикс «-ин» часто давали при переписи, если основа оканчивалась на согласный или «а», что и произошло с «Бердугуж».

В русском языке фамилия практически не имеет однокоренных аналогов, что говорит о её локальном бытовании. Встретить её можно, скорее всего, в Оренбургской области, Башкортостане или в Ставропольском крае — там, где исторически смешивались тюркские и русские фамильные традиции. Никакого отношения к «бередить душу» или «гужевому транспорту» фамилия не имеет — это случайное созвучие, которое вводит в заблуждение при поверхностном взгляде.

Социальный статус предков определить трудно: имя Бердугуж мог носить как рядовой скотовод, так и мелкий старшина. Но сама модель образования (личное имя + русский суффикс) типична для крестьянских и казачьих фамилий, а не для дворянских, которые чаще оформлялись через «-ский» или «-ов» от названий поместий.