Фамилия Бердун — редкая, и её разбор начинается с неочевидной основы. В русской ономастике фамилии на -ун традиционно образуются от глаголов и обозначают человека по действию, склонности или занятию: говорун, бегун, крикун. Бердун, вероятно, стоит в этом же ряду. Основа «берд-» восходит к древнерусскому глаголу «берды» или диалектному «бердить» — то есть шататься, колебаться, делать неверные движения, а также сбивать с толку, путать. В северных и сибирских говорах «бердун» могли назвать неуверенного, нерешительного человека или, напротив, того, кто постоянно суетится и мешает другим. Есть и другая линия: в псковских и тверских диалектах «берда» — это бранное слово для болтуна или вруна. Тогда Бердун — прозвище говорливого, склонного к преувеличениям человека.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках «берд» (berd) означает «дал», а с добавлением аффикса -ун могло получиться имя со значением «одарённый» или «данный (богом)». Однако для фамилии, бытующей в русской среде, такая версия остаётся гипотетической: без документального подтверждения тюркского происхождения конкретного рода она уступает славянской модели прозвищ на -ун.

Формант -ун в фамилии Бердун — не суффикс принадлежности, как -ов или -ин, а словообразовательный элемент самого прозвища. Фамилия закрепилась без дополнительного патронимического суффикса, что характерно для украинской и южнорусской традиции именования, где прозвища часто переходили в фамилии в исходной форме. Встречается она преимущественно на западе и юге России, а также среди украинцев — там, где модель «прозвище + -ун» была особенно продуктивной. Сравните с однокоренными фамилиями Бердников, Бердюгин — они образованы от тех же диалектных основ, но с разными суффиксами, что подтверждает живую народную словообразовательную игру.

В дореволюционных источниках фамилия Бердун фиксируется в основном среди крестьян и мещан Черниговской, Полтавской и Курской губерний. Сословной элиты среди Бердунов не было: это фамилия людей, получивших прозвище по характеру или поведению, а не по ремеслу или месту жительства. Сегодня она остаётся редкой, и её носители могут смело говорить, что их фамилия — живое свидетельство диалектной лексики и народной наблюдательности, где меткое слово превращалось в родовое имя.