Фамилия Бердута — редкий случай, когда прозвище застыло почти без изменений, лишь с украинским суффиксом -ут(а). В основе лежит глагол «бердыкать» или «бердута» в диалектном значении — «спотыкаться, запинаться на ходу, ходить с трудом, припадая на ногу». Так могли прозвать человека с хромотой, неуклюжей походкой или просто медлительного, неловкого в движениях. Вторая версия, менее вероятная, отводит корень к «бердо» — деталь ткацкого станка, но тогда фамилия скорее выглядела бы как Бердов или Бердник, а суффикс -ута здесь не объяснить.

Суффикс -ут(а) характерен для украинских и белорусских фамилий, образованных от глагольных основ: Крикута (от «кричать»), Свистута (от «свистеть»), Храпута (от «храпеть»). Он придаёт прозвищу оттенок деятеля — человека, который постоянно что-то делает или обладает устойчивым признаком. Бердута — тот, кто «бердыкает», то есть прихрамывает или запинается. Слово «бердыкать» фиксируется в говорах юго-западных областей, что указывает на географию фамилии: скорее всего, она возникла на территории современной Украины или в приграничных с ней районах России.

Фамилия не получила распространения за счёт того, что прозвище было нелестным — его старались не передавать по наследству, а при первой возможности меняли на более благозвучное или образовывали от имени. Дворянских родов Бердута не известно; носители фамилии, судя по архивным данным XIX века, были крестьянами и мещанами в Волынской, Подольской и Киевской губерниях. Встречается она и сегодня, но крайне редко — в основном на западе Украины и в Беларуси, а также среди потомков эмигрантов в США и Канаде.