Фамилия Бердутина — женская форма фамилии Бердутин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русской традиции такие фамилии образовывались от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а, -я. То есть Бердутин — это «сын или потомок Бердуты». Сама основа «Бердут(а)» — редкая и неоднозначная, и здесь открывается простор для версий.

Самая прямая версия: прозвище Бердута могло быть образовано от диалектного глагола «бердить» или «бердовать» — в некоторых говорах это означало «шататься», «качаться» или «делать что-то неуклюже». Тогда Бердута — человек с неуверенной походкой, шатун. Однако есть и другой ряд: в псковских и тверских говорах «бердо» — это деталь ткацкого станка (род гребня для прибивания нити). Если прозвище связано с ткачеством, то Бердутой могли назвать ткача или мастера по изготовлению берд. В этом случае фамилия указывает на занятие предка, что типично для русских прозвищных фамилий.

Спорная, но не лишённая оснований версия — связь с тюркским корнем «берд» (дал, дающий). В тюркских языках, например в татарском, имя Берди (Бирде) встречается как часть сложных имён (Бердибек, Бердимурат). Если предок Бердутиных был из тюркоязычной среды, то Бердута могло быть адаптированным на русской почве прозвищем от имени Берди. Однако суффикс -ут(а) для тюркских заимствований в русских фамилиях редок, поэтому эта версия менее вероятна, чем славянская диалектная.

Географически фамилия Бердутина встречается преимущественно на северо-западе России — в Вологодской, Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в этих регионах бытовало слово «бердо» в значении ткацкой детали. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, так как прозвища от орудий труда и занятий редко давали дворянам.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в большинстве современных носителей оно падает на второй слог — Берду́тина, хотя в исходном прозвище Бердута́ ударение могло быть на последнем слоге. Это распространённая история: ударение смещается при переходе прозвища в фамилию, подчиняясь ритмике русского языка.