Фамилия Бердукова — женская форма фамилии Бердуков, и её происхождение ведёт к прозвищу или имени, связанному с тюркским словом «бердюк» или «бирдюк». В тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском и кумыкском, «бердюк» означает «данный», «подаренный», а также может быть формой имени Берди, которое восходит к арабскому «Берди» (холодный) или тюркскому «бер» (дай). В русской ономастике такие фамилии часто фиксировались на юге России, в Поволжье и на Северном Кавказе, где тюркские и русские народы веками жили рядом.

Основа фамилии — Бердук — могла быть прозвищем человека, которого назвали так за щедрость или, наоборот, за холодный нрав. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от личных имён или прозвищ, и указывает на принадлежность: «сын Бердука». Форма Бердукова, соответственно, означает «дочь или жена Бердука». Встречается и вариант с ударением на второй слог — Бердуко́ва, что характерно для некоторых кавказских говоров.

Географически фамилия Бердукова редка, но её носители встречаются в Ставропольском крае, Ростовской области и в Кабардино-Балкарии. Это говорит о том, что предки могли быть казаками или крестьянами, которые контактировали с тюркоязычным населением. В отличие от более распространённых фамилий вроде Бердникова (от ремесла), Бердукова сохраняет прямую связь с личным именем или прозвищем, что делает её антропонимически прозрачной.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Бердуков стоит рядом с Бердиевым, Бердуевым или Бердушным, но отличается редким сочетанием звуков. В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии не упоминаются напрямую, но модель «тюркское имя + -ов» описана как характерная для XVI–XVII веков, когда русские служилые люди перенимали прозвища у соседей. Таким образом, Бердукова — не выдумка, а живое свидетельство этнического смешения на южных рубежах России.