Фамилия Бердюкова образована от прозвища Бердюк, которое восходит к нарицательному «бурдюк» - «козий мех, снятый и выделанный дудкой, целиком; в нем держат чихирь и другие жидкости». Бердюком могли прозвать любителя хмельных напитков, либо торговца винами. Чередование гласных у/е стало результатом исторических процессов, происходивших в ходе развития языка. Согласно другой версии, в основе прозвища Бердюк лежит нарицательное «бердник, берденник»: так в старину называли мастера, выделывающего бёрда, то есть гребни ткацких станков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бердюк, со временем получил фамилию Бердюкова.