Фамилия Бердюкова — это женская форма фамилии Бердюков, которую носили потомки человека по прозвищу Бердюк. В основе прозвища, скорее всего, лежит слово «бурдюк» — козий мех, снятый целиком, в котором хранили вино и воду. Чередование гласных у/е в корне — результат исторических языковых процессов: «бурдюк» превратился в «бердюк» под влиянием акающих говоров или народной этимологии. Прозвище Бердюк могли дать либо любителю хмельных напитков, либо винному торговцу — человеку, который постоянно имел дело с бурдюками.

Менее распространённая, но тоже правдоподобная версия связывает прозвище с ремеслом. В старину существовали слова «бердник», «берденник» — так называли мастера, выделывающего бёрда (гребни для ткацких станков). Если прозвище Бердюк возникло из этой среды, то предок носительницы фамилии был ткацким ремесленником.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Бердюк- добавился суффикс принадлежности -ов (чей? — Бердюков), а затем окончание женского рода -а. Таких фамилий много на юге России и в Поволжье, где были распространены говоры с переходом у в е. Встречается фамилия и в украинском варианте — Бердюк, без суффикса.

В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Бердюк, особенно в рязанских и тульских землях. Это указывает на недворянское происхождение фамилии: Бердюковы, скорее всего, из крестьян или ремесленников. Знатных родов с такой фамилией в истории не зафиксировано.