Фамилия Бердыходжины (а также её вариант Бердыходжинов) хранит память о восточных корнях и составном имени, которое когда-то дали предку. В основе фамилии лежит мужское имя Бердыходжа. Оно сложено из двух частей: древнетюркского «берди» — «дар (божий)», «дал» — и персидского «ходжа», что значит «господин», «наставник», «хозяин». Такое имя-пожелание давали ребёнку, чтобы он вырос влиятельным и состоятельным человеком, своего рода «даром господина».

Слово «ходжа» хорошо знакомо по истории Востока: так называли купцов, духовных лиц и уважаемых людей. В сочетании с «берди» имя Бердыходжа звучало как «дар господина» или «подаренный наставником». Имя было распространено среди народов, испытавших влияние исламской и тюркской культур, — например, у татар, башкир, узбеков, крымских татар и других.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин: Бердыходжин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Бердыходжи. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде, где русская административная традиция соединилась с местными именами. Вариант Бердыходжинов — более поздняя русифицированная форма с двойным суффиксом, которая встречается реже.

География фамилии сегодня неширокая. Носители встречаются в основном в Поволжье и на Урале, где исторически жили татарские и башкирские роды. Встречаются единичные записи в Казахстане и Средней Азии, что может быть связано с миграциями XX века.

Стоит оговориться: хотя фамилия явно восходит к имени Бердыходжа, точное время её оформления установить сложно. Фамилии такого типа у татар и башкир начали массово фиксировать в XIX веке после переписей, но отдельные роды могли носить её и раньше. Окончательно сказать, в каком именно селе или уезде впервые записали Бердыходжиных, можно только после архивных разысканий — метрических книг, ревизских сказок или посемейных списков.