Фамилия Бердыходжина — редкий случай, когда в одной основе соединились тюркское и арабское наследие. Её не встретишь в списках массовых русских фамилий, и это сразу подсказывает, что перед нами — пример фамилии, возникшей в среде, где русский суффикс прирастили к нерусскому корню.

Разбираем слово по частям. Основа «Бердыходж» — это два слова, слитых воедино. Первая часть, «Берды», восходит к тюркскому «берди» — «дал» (форма прошедшего времени от глагола «давать»). Это очень распространённый компонент в тюркских именах: например, Бердымухаммед (Мухаммед дал), Бердыбай (богатый дал). Вторая часть, «ходж» (или «ходжа»), — слово арабское, означает «господин», «хозяин», а в мусульманской среде — почётное звание потомка пророка или просто уважаемого человека, учителя, купца. Таким образом, Бердыходжа — это личное мужское имя со значением «дарованный господином» или «господин дал» (имеется в виду, что ребёнок — дар от Бога или от уважаемого человека).

Суффикс «-ин» — чисто русский, притяжательный. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Бердыходжин, то есть «сын (или потомок) Бердыходжи». По такой же модели образованы десятки тысяч русских фамилий от имён и прозвищ (Ильин, Пушкин, Гагарин). Но здесь суффикс «-ин» присоединён к нерусской основе, что характерно для фамилий, которые оформлялись в официальных документах на русском языке у народов Поволжья, Средней Азии, Кавказа.

Фамилия Бердыходжина — женская форма; мужская, соответственно, Бердыходжин. Носители такой фамилии почти наверняка имеют предков, исповедовавших ислам, вероятно, из среды татар, башкир, узбеков или других тюркоязычных народов. Социально имя Бердыходжа могло указывать на принадлежность к духовному сословию или купечеству — «ходжа» было статусным званием.

Интересно, что в русской записи фамилии сохранилась полная форма арабского слова «ходжа» с конечным «а», хотя в тюркских языках оно часто редуцируется. Это говорит о том, что фамилия фиксировалась в письменном виде довольно поздно, уже в XIX–XX веках, когда чиновники старались передать звучание оригинала, а не адаптировать его на слух.