Фамилия Бергенова — женская форма, а её мужской вариант — Бергенов. В основе фамилии лежит имя или прозвище Берген. Скорее всего, это тюркское имя, образованное от двух основ: «бер» (в разных тюркских языках означает «дай», «давать») и «ген» (суффикс обладания, причастности). В буквальном смысле Берген можно перевести как «одарённый», «наделённый». В ономастике такие имена нередко давали с пожеланием богатства, удачи или особого покровительства свыше.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Берген добавили русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность к роду или потомку. Это типичный для многих народов России способ русификации фамилий, когда тюркское имя обрастает славянским патронимическим окончанием. Суффикс -ов в данном случае не несёт значения «чей-то сын» в чисто русском понимании, а скорее оформляет фамилию по русскому образцу.

Географически фамилия Бергенов/Бергенова распространена в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, Казахстане, а также среди карачаевцев и балкарцев. Встречается она и у казахов, где Берген — вполне распространённое личное имя. Поэтому предки носительницы фамилии с высокой вероятностью были тюркоязычными людьми, принявшими русскую фамильную модель в XIX–XX веках.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: связь с немецкой фамилией Берген (от названия города Берген или от слова Berg — «гора») с добавлением русского окончания -ов. Но в таком случае форма Бергенова была бы скорее исключением, чем правилом, и встречалась бы в среде поволжских немцев, что маловероятно из-за типично тюркского звучания основы.

Таким образом, Бергенова — фамилия с тюркским корнем, означающим «одарённый», и русским суффиксом, указывающим на родовую принадлежность. Носительница фамилии может считать своими предками людей, получивших имя-пожелание, которое впоследствии стало фамильным.