Фамилия Бергенева — женская форма, исходная мужская — Бергенев. На первый взгляд она кажется производной от географического названия или немецкой фамилии Берг (гора), но на деле её корни чисто русские и восходят к тюркскому миру. Основа «берген» — это форма татарского или башкирского слова «биргән» (данный, подаренный). В прошлом у тюркских народов существовали охранительные имена: если ребёнок рождался слабым или в семье умирали дети, ему давали имя со значением «подарок», «дарованный», чтобы обмануть злых духов. Имя Берген (или Бирген) как раз из этого ряда.

В русской среде фамилию образовали по стандартной модели: к основе добавили суффикс принадлежности -ев. Звук «и» в тюркском слове под влиянием русской фонетики перешёл в «е», поэтому получился Бергенев, а не Биргенев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или — реже — на шипящий, что для имени Берген естественно. Другие фамилии той же модели — Богданов (тоже «данный Богом») — идут из славянской традиции, а Бергенев — из тюркской, но с тем же смыслом.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к тем регионам, куда в XVII–XIX веках переселялись крещёные татары и мишари. Встречается и у русских — в тех же краях, что говорит о давних межэтнических контактах. Сословно носители фамилии были в основном государственными крестьянами и однодворцами, реже — купцами или мещанами.

Версия о немецком происхождении (от Berg — гора) маловероятна: суффикс -ев нехарактерен для немецких фамилий, а форма Бергенев в немецком языке не фиксируется. Скорее всего, сходство с немецкой фамилией Берген случайно. Есть ещё гипотеза, что фамилия связана с диалектным словом «бергень» — так в некоторых русских говорах называли холм или бугор, но это слово крайне редкое и локальное, а тюркская версия объясняет происхождение проще и убедительнее.