Фамилия Бешагин образована от прозвища Бешага. В его основе, по одной версии, лежит еврейское слово «бешагам» — «ибо, также». Прозвище могли дать человеку, который часто вставлял в речь эти союзы или вводные слова. Такая модель, когда именование привязывается к речевой особенности, встречается у разных народов, но для еврейской ономастики она особенно характерна: фамилии могли образовываться от слов, не связанных напрямую с профессией или внешностью.

Менее вероятно, что прозвище восходит к ингушскому «бешахо» — «садовник». В таком случае Бешага было бы профессиональным именованием, указывающим на род занятий основателя фамилии. Однако ингушский корень встречается в фамилиях реже, чем еврейский, и не даёт такой же ясной словообразовательной цепочки.

Суффикс -ин в фамилии Бешагин указывает на принадлежность: «сын Бешаги» или «из рода Бешаги». Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а. Фамилия закрепилась в среде, где русский язык служил основным для документов, а исходное прозвище могло быть иноязычным.

Сравнение с другими фамилиями, образованными от еврейских слов с похожей структурой, показывает, что Бешагин — редкий случай. В отличие от составных немецко-еврейских фамилий вроде Вейценбаум («пшеничное дерево») или Цигенбаум («козье дерево»), здесь основа односложная и не имеет прямого предметного значения. Это сближает Бешагина с фамилиями, возникшими из бытовых речевых привычек — как Квечман («высказываться неохотно») или, условно, из союзов и междометий.