Фамилия Бейсебаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Бейсебаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Бейсебаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Бейсебаев состоит из двух частей. Первая из них восходит к казахскому мужскому имени Бейсен - «четверг». В основу прозвища лег диалектный вариант имени — Бейсе. Так называли мальчиков, рожденных в четверг. Вторая часть фамилии образована от тюркского «бай» - «богатый, могущественный хозяин, господин, повелитель». Можно предположить, что основатель фамилии принадлежал к знатному роду, был влиятельным, состоятельным человеком. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Бейсебаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Бейсебаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.