Фамилия Бейсебаев указывает на тюркские и казахские корни. Её основа составная, и каждая часть несёт отдельный смысл.

Первая часть восходит к казахскому мужскому имени Бейсен, что означает «четверг». В основу фамилии лёг диалектный вариант этого имени — Бейсе. Такое имя в традиции давали мальчикам, родившимся в четверг. Это не просто день недели, а отсылка к обычаю называть ребёнка по дню его появления на свет.

Вторая часть фамилии образована от тюркского слова «бай» — «богатый, могущественный хозяин, господин, повелитель». В тюркских языках этот компонент часто входил в состав имён и прозвищ, указывая на высокое положение или состоятельность человека. Можно предположить, что основатель фамилии принадлежал к знатному роду или был влиятельным, состоятельным человеком.

Таким образом, фамилия Бейсебаев буквально означает «потомок Бейсе-бая» — человека, которого нарекли по дню рождения и при этом считали уважаемым и богатым. Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилий, характерную для тюркских родов, которые входили в состав Российской империи.