Фамилия Безгубые (в исходной форме — Безгубый) происходит от прозвища, которое давали человеку с очень тонкими или бледными губами. В основе лежит прилагательное «безгубый» — так в славянской традиции описывали внешность, не прибегая к грубой прямолинейности. Менее вероятно, что прозвище указывало на физический недостаток вроде заячьей губы или травмы: в народе редко называли человека по очевидному уродству напрямую, чаще использовали иносказание или обережное имя.

Здесь работала и обратная логика: надеясь, что сын вырастет здоровым и красивым, родители могли наречь его Безгубым — чтобы злые силы «не заметили» ребёнка и не навредили. Так прозвище закреплялось за человеком как основное именование, а со временем перешло в фамилию: потомок Безгубого становился Безгубым, а во множественном числе — Безгубые.

Фамилия относится к типичной для славян модели образования от прилагательного без суффикса (как Толстый, Кривой, Хромой). Форма на -ые (Безгубые) характерна для северных и центральных регионов России, где такие фамилии склонялись как прилагательные во множественном числе и указывали на целый род или семью. В южных и западных областях чаще встречается форма Безгубый, Безгубенко или Безгуба.

Точное время и место возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования шёл постепенно и в разных местностях независимо. Без серьёзных генеалогических изысканий можно лишь сказать, что фамилия Безгубые — самобытный памятник славянской культуры, в котором через прозвище сохранилась бытовая наблюдательность предков.