Фамилия Безгубый — редкий для русского ономастикона случай, когда прозвище, образованное от прилагательного с приставкой без-, стало родовым именем без добавления суффикса. Чаще такие основы обрастали -ов или -ин, но здесь перед нами чистая субстантивированная форма: прозвище Безгубый со временем закрепилось за потомками как фамилия в исходном виде.

Сам корень споров не вызывает. «Безгубый» — человек либо с очень тонкими, малозаметными губами, либо с бледными, почти сливающимися с кожей лица. В народной традиции такие черты не были нейтральными: прозвище давали не столько в обиду, сколько для точного узнавания человека в общине. Менее вероятная, но возможная версия — реальный физический недостаток: заячья губа или травма, из-за которой человек лишился части губы. Однако в крестьянской среде к таким увечьям относились проще, и прозвище могло закрепиться без насмешки, как констатация особенности.

Встречается и бытовое объяснение, которое приводит в своих работах В. А. Никонов: родителей, желавших уберечь сына от сглаза или болезней, могли наречь младенца «обманным» именем — Безгубым, надеясь, что злые силы не позарятся на «неполноценного» ребёнка, а мальчик вырастет здоровым и красивым. Эта практика охранительных имён хорошо известна в русской деревне вплоть до XVIII века, и фамилия Безгубый вполне могла родиться из такого оберега.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где диалектное губа не только «часть рта», но и «гриб», а также «залив» или «излучина». Однако для фамилии Безгубый основная версия остаётся антропологической: прозвище по внешности или охранительное имя. Встречается она редко, что делает её особенно ценной для потомков — в ней сохранился прямой след живой разговорной речи, почти без канцелярской обработки, которую прошли многие фамилии на -ов.