Фамилия Безгубкин — один из тех случаев, где прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было не обидным, а обережным. Разберёмся по порядку.

Прозвище Безгубка образовано по той же модели, что и Безруков, Безносов, Безбородко. Корень здесь — «губ-» (губа), приставка «без-» и суффикс «-к-», который в русских прозвищах часто придаёт слову уменьшительно-пренебрежительный или бытовой оттенок. Человек с очень тонкими, бледными или почти незаметными губами мог получить такое прозвище от окружающих — это самое прямое и очевидное объяснение.

Однако в народной культуре прозвища с приставкой «без-» нередко давали с противоположным смыслом: чтобы отвести беду. Родители, надеясь вырастить здорового и красивого сына, нарочно называли его Безгубкой — «чтобы не сглазили». Эта практика (так называемые охранительные имена) была широко распространена у славян. Поэтому версия, что Безгубкой назвали человека с физическим недостатком, хоть и возможна, но менее вероятна: такие прозвища обычно фиксировали заметный дефект, а «безгубость» — признак малозаметный, вряд ли бросающийся в глаза.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища (Безгубк-) добавлен суффикс притяжательности -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — «Безгубкин», то есть сын, потомок Безгубки. Фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, в отличие от южнорусских на -ов/-ев.

О точном месте и времени возникновения фамилии Безгубкин говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и большинство прозвищных фамилий закрепились в XV–XVII веках. Достоверных архивных данных о ранних носителях этой фамилии в открытых источниках нет. Можно лишь утверждать, что перед нами не искусственная семинарская или дворянская фамилия, а крестьянское или посадское родовое имя, возникшее естественным путём.