Фамилия Бикшанов образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью патронимического суффикса -ов, который присоединялся к основе, указывающей на отца. Основа здесь — Бикшан. Это имя или прозвище тюркского происхождения, что неудивительно: фамилия характерна для татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где русская фамильная модель наложилась на местную именную традицию.

Корень «бикш» восходит к тюркскому слову «бек» (или «бик») — «князь, господин, правитель». В разных диалектах и при добавлении аффиксов это слово давало множество личных имён: Бекшан, Бикшан, Бекшанов. Таким образом, Бикшан — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная или «уважительная» форма от имени со значением «господин, начальник». Буквально имя можно перевести как «князёк» или «маленький бек», но в быту оно не несло уничижительного оттенка, а скорее указывало на принадлежность к знатному роду или просто давалось как пожелание ребёнку вырасти влиятельным человеком.

По географии фамилия нешироко, но устойчиво представлена в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у казахов (в форме Бикшанов), что подтверждает общность тюркской антропонимической основы. В русских документах XVII–XIX веков носители такой фамилии часто числились служилыми татарами, тептярями или государственными крестьянами — то есть людьми, которые несли повинности, но сохраняли личную свободу и родовое имя. Никакой массовой миграции в центральные губернии не было, фамилия оставалась преимущественно локальной.

В написании встречается вариант Бикшин — с усечением суффикса -ан; это та же основа, но оформленная другим аффиксом. Бикшанов же — стандартная форма, закрепившаяся в метриках и переписях. Никаких спорных версий, кроме тюркской, у фамилии нет: попытки связать её с русским словом «бикша» (устаревшее название повозки) маловероятны, так как это слово крайне редкое и не дало прозвищ.