Фамилия Билоножко звучит по-украински, и это её главная подсказка. В её основе лежит прозвище, образованное от двух корней: «бил(о)» и «нога». Самый прямой и правдоподобный вариант: так могли назвать человека, у которого была белая нога — либо из-за болезни (витилиго, шрамы), либо из-за особенности одежды (например, всегда ходил в белых штанах или онучах). В украинских говорах прилагательное «білий» часто переходило в основу «біло-», и фамилии на «-ножка» (как вариант — Билоножка) встречаются в реестрах казацкой старшины и крестьян Гетманщины.

Суффикс «-ко» — типичный для украинских фамилий уменьшительно-ласкательный или патронимический. Он указывает на то, что прозвище закрепилось за потомком: «чей? — Билоножкин сын», то есть сын Билоноги (или Билоножки). По модели образования фамилия близка к Черноножко, Сухоножко, Долгоножко — все они описывали внешний признак ног.

Менее вероятная, но встречающаяся в любительских этимологиях версия — связь с диалектным словом «білоніжка» (вид травы или птицы). Однако прозвищный принцип «по части тела» в антропонимии Восточной Европы настолько распространён, что объяснение через белизну ноги остаётся основным.

Географически фамилия привязана к центральной и левобережной Украине: чаще всего её носители встречаются в Черкасской, Полтавской и Киевской областях. В России она редка и, как правило, указывает на украинские корни предков, переселившихся в ходе колонизации Новороссии или Кубани.

В дореволюционных метриках и ревизских сказках фамилия встречается в написании Билоножка (с окончанием -а, что типично для украинских фамилий на -ко в женском роде). Современная форма Билоножко — результат унификации по мужскому роду, закреплённый в паспортной системе СССР.