Фамилия Бинус — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от канонических имён или прозвищ с помощью суффиксов -ов, -ин, -ский, Бинус лишена привычного родового окончания. Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия позднего происхождения, закрепившаяся в своей исходной, неадаптированной форме.

Наиболее вероятная версия связывает Бинус с еврейской традицией фамилий-аббревиатур. В таком случае основой могло послужить словосочетание «Бен Иегуда» (сын Иегуды) или «Бен Иешуа» (сын Иешуа), сокращённое по первым буквам: Б.И. (Бен Ие...) плюс славянский или немецкий суффикс -ус, который в XIX веке часто добавляли к еврейским фамилиям на территории Австро-Венгрии и Царства Польского. Такой способ образования (например, Бинус из «Бен Иегуда») встречается у восточноевропейских евреев, где фамилии нередко шифровали имя отца.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — искусственное происхождение фамилии в среде духовенства. В семинариях будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских слов. «Бинус» может быть латинизированной формой от «binus» (двойной, парный). Если это так, то фамилия могла достаться ученику, который был близнецом, или же её дали по принципу игры слов — например, от фамилии матери или отца, переделанной на латинский лад.

С географической точки зрения фамилия Бинус встречается в основном на западе бывшей Российской империи — в Беларуси, на Украине и в Польше. Это подтверждает версию о её еврейском или польском (латинизированном) корне, так как именно в этих регионах в XIX веке активно шёл процесс присвоения фамилий еврейскому населению, а латынь была языком католических школ. Если ваши предки носили фамилию Бинус, с высокой долей вероятности они жили в черте оседлости и, возможно, были связаны с торговлей или ремеслом, а их фамилия изначально была отчеством, «зашифрованным» в короткое слово.