Фамилия Благоварова построена по редкой и выразительной модели: основа «благо-» плюс суффикс принадлежности -ов-. Такое сочетание сразу выдает искусственное, книжное происхождение. В русской ономастике фамилии с корнем «благ-» (Благов, Благовещенский, Благонравов) почти всегда возникали в духовной среде — в семинариях, где будущим священникам давали фамилии по церковным добродетелям или праздникам. «Благоваров» — не исключение.

Слово «благовар» не встречается в древнерусском языке как бытовое имя или прозвище. Его нет в словарях народных говоров. Это составное образование: «благо» (добро, счастье) и «вар» (от глагола «варить» — кипятить, создавать). В церковнославянском контексте «благоварный» могло означать «благоуханный», «приятно пахнущий» — эпитет, относившийся к фимиаму, ладану или к самому богослужению. Вероятно, фамилию Благоваров дали ученику духовного училища как награду за кроткий нрав или в память о каком-то церковном символе.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем человека, который варил что-то «на благо» — например, пиво или квас для общины. Но против этого говорит полное отсутствие подобных прозваний в исторических документах: «благовар» не зафиксирован ни в одном ремесленном списке. Поэтому семинарское происхождение остаётся основным.

Фамилия редкая, географически привязана в основном к центральным и северным губерниям России, где было много духовных учебных заведений. Встречается и в форме Благоваров (мужской вариант), и как Благоварова (женская форма), а также с ударением на первый или третий слог — в зависимости от местной традиции. Носители фамилии, скорее всего, потомки священников или церковнослужителей, получивших «говорящую» фамилию при поступлении в семинарию.