Фамилия Благушина — это женская форма фамилии Благушин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Благуша. У этого прозвища, как и у прилагательного «благой», от которого оно произошло, несколько значений, причем прямо противоположных. В одном случае Благушей называли доброго, отзывчивого и добродетельного человека. В другом — сердитого и упрямого: в народе слово «благой» нередко имело и такой оттенок, обозначая вспыльчивый нрав. Есть и третья версия: в южных и западных русских говорах существовал глагол «благать» — «ублажать, угождать». Тогда прозвище Благуша мог получить человек вкрадчивый, льстивый, умеющий подстроиться.

Самый ранний известный носитель фамилии — Григорий Благушин, златописец Посольского приказа. Упоминания о нем встречаются в документах с 1646 по 1681 год. Златописцы — особая категория художников, которые расписывали золотом царские грамоты для иностранных государей и восточных иерархов. Григорий Благушин также участвовал в оформлении художественных рукописей для царской библиотеки. Это редкое и престижное ремесло говорит о том, что предок Благушиных был человеком грамотным и ценимым при дворе.

Позднее фамилия встречается в разных губерниях. В Книге памяти Магаданской области записан Благушин Никита Дмитриевич, 1877 года рождения, из Воронежской области. А в Книге памяти Ярославской области — Благушин Николай Николаевич, родившийся в 1876 году в деревне Григорово Некоузского района. Эти записи показывают, что к концу XIX века фамилия уже была распространена и в черноземной полосе, и на севере центральной России.