Фамилия Благинина — женская форма от Благинин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Благиня. В основе лежит глагол «блажить», который в старых говорах означал «упрямиться, делать глупости, иногда пошаливать». Прозвище Благиня давали человеку со своенравным или взбалмошным характером. Однако в южнорусских диалектах слово «благина» имело совсем другой оттенок — так называли юродивого, блаженного, человека не от мира сего.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Благин- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Благини). В русских фамилиях суффикс -ин типичен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я (Благиня → Благинин). Со временем фамилия закрепилась в форме Благинина — так в документах чаще фиксировали женщин или детей по отцу.

Интересная деталь: однокоренные фамилии (Благин, Благов, Блаженов) встречаются в центральных и южных областях России, но Благинина — более редкий вариант. Она могла возникнуть там, где прозвище Благиня бытовало в быту, а не в официальных записях. В метрических книгах XIX века такую фамилию могли записать с окончанием -ина, подчеркнув женскую линию рода, если мужчина-носитель умер или отсутствовал.