Фамилия Благинин — это отчество второго порядка, то есть она образована не напрямую от прозвища, а от имени или прозвища отца через цепочку: Благо → Благиня → Благинин. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), поэтому исходная форма — Благиня, а не сразу Благо.

В основе лежит прозвище Благо, которое восходит к прилагательному «благой». Семантика этого слова в русских говорах раздвоилась. В церковнославянском и книжном языке «благой» значило «добрый, хороший, полезный, добродетельный». Такое прозвище мог получить человек кроткого нрава или тот, кто делал добрые дела. Однако в народной речи, особенно в северных и центральных говорах, «благой» приобрело противоположное значение — «злой, сердитый, упрямый, своенравный, дурной, тяжелый». Отсюда же и слово «блажной» — взбалмошный, суетливый, беспокойный, шаловливый. Вторая версия для фамилии Благинин даже правдоподобнее: прозвища с отрицательной окраской давали чаще, чем с положительной, чтобы уберечь ребёнка от сглаза или чтобы точнее описать характер.

Промежуточная форма Благиня — это ласкательный или уменьшительный вариант прозвища Благо. Такие «материнские» формы на -иня (ср. Богдан → Богданя, Молчан → Молчаня) в русской антропонимии встречаются, но не так часто, как на -ка или -ша. Поэтому фамилия Благинин относительно редкая: она не пошла по самому массовому пути образования на -ов/-ев.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным, и письменные источники, фиксирующие крестьянские прозвища, дошли до нас не полностью. Можно предположить, что фамилия закрепилась не в центральных, а скорее в северных или поволжских говорах, где прилагательное «благой» в значении «плохой, злой» было особенно употребительно. Встречаются однокоренные фамилии: Благин, Благов, Благой — они образованы по другим моделям и могут иметь разную географию.