Фамилия Близнёнков — одна из тех, где корень ясен почти сразу, а вот суффикс заставляет задуматься. В основе лежит слово «близнец» или «близня» (разговорное, диалектное обозначение двойняшки). Но почему не Близнецов, а именно Близнёнков? Дело в том, что в русских говорах, особенно северных и центральных, у слов на -ец при образовании фамилий часто появлялся суффикс -ёнк-: от прозвища Близнёнок (то есть «маленький близнец» или «сын близнеца») по модели «чей?» — Близнёнков. То есть первым носителем фамилии был, скорее всего, человек, которого в семье или деревне звали Близнёнком — либо потому, что он сам был одним из двойняшек, либо потому, что его отец был близнецом.

Интересно, что фамилия эта довольно редкая и имеет чёткую географическую привязку. Она характерна для запада Брянской области и востока Гомельской (Беларусь) — регионов, где суффикс -ёнок/-ёнк- в фамилиях встречается особенно часто. В отличие от типично великорусских фамилий на -ов/-ев, которые могли появиться где угодно, Близнёнков выдаёт в предках выходца из зоны белорусско-русского пограничья или бывших земель Северской Украины.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла двойную трансформацию. Сначала от «близнец» образовалось уменьшительное или «сыновье» прозвище Близнёнок (по той же модели, что Волчонок, Котёнок). Затем, когда прозвище стало фамилией, к нему приросло окончание -ов, превратившее его в стандартную русскую форму притяжательного прилагательного. Если бы процесс остановился на стадии прозвища, мы бы имели фамилию Близнёнок (такая тоже существует, но реже). Вариант с -ов — результат поздней канцелярской унификации, когда крестьянам записывали фамилии «по отцу» в документах.

Альтернативная версия, что корень идёт от глагола «близнить» (путать, сближать), маловероятна: она не объясняет характерного суффикса -ёнк-, который чётко указывает на значение «детёныш» или «сын». Так что основная линия — семейное прозвище, данное по сходству с близнецом или по факту двойного рождения в роду.

В дореволюционных переписях эта фамилия почти не встречается за пределами указанных западных губерний, что подтверждает её локальный характер. Носители её, судя по всему, были в основном крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, осевших на южных рубежах.