Фамилия Близнекова образована от прозвища Близнец, а её основа — слово «близнец» в значении «один из двойни». В русской ономастике это довольно прозрачный случай: прозвище давали либо человеку, который сам был близнецом, либо тому, у кого родились двойняшки. В крестьянской среде такое событие было заметным и часто служило поводом для закрепления именования за всей семьёй.

Суффикс -ов- указывает на типичную модель образования русских фамилий от имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный. Близнеков — сын или потомок Близнеца. Женская форма Близнекова, соответственно, принадлежит женщине из этого рода. Фамилия могла возникнуть в любой части России, где бытовало слово «близнец» (в отличие от диалектных вариантов — «двойнишник», «двояк»).

Стоит отметить, что фамилия Близнеков (и её женский вариант) встречается реже, чем однокоренная Близнецов. Разница в суффиксе: -ец дал форму Близнецов, а -ец в основе Близнек — это результат чередования ц/к в диалектах или просторечии. То есть Близнекова — более редкая ветвь того же корня, что делает её интересной для локальной истории: носители сосредоточены в основном в центральных и южных регионах России.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это исключительно народное прозвище, перешедшее в наследственное имя. Если искать генетическую связь, то предки Близнековых могли быть просто людьми, которых отличала «парность» — либо внешнее сходство с братом или сестрой, либо рождение двойни в семье.