Фамилия Бобокулов образована от восточного имени Бобокул, которое, вероятнее всего, представляет собой вариант мужского имени Бабакул. Так, в основе его первой части лежит персидское слово «баба», означающее в переводе на русский «отец, святой отец, отец общины». Следует отметить также, что в некоторых тюркских языках есть слово «баб», которое переводится на русский как «господин, хозяин», «богатырь», в переносном смысле – «господь». Вторая часть имени Бабакул этимологически связана с именным компонентом «кул», которое в переводе с тюркского означает «раб, слуга», а также «раб Аллаха, товарищ, спутник, хлебопашец, воин, работник, помощник, представитель». Чередование звуков о/а в основе фамилии Бобокулов может быть обусловлено разницей в диалектном произношении, а также неточностями, ошибками при ее регистрации.