Фамилия Бобокуловы, как и большинство фамилий на -ов, образована от личного имени. В основе лежит восточное мужское имя Бобокул, которое является диалектным вариантом имени Бабакул. Чередование гласных о/а в корне — явление распространённое в тюркских языках и могло закрепиться из-за особенностей местного произношения или ошибок при записи имени в документах.

Первая часть имени восходит к персидскому слову «баба» — «отец», «святой отец», «наставник». В ряде тюркских языков слово «баб» имеет схожие, но более широкие значения: «господин», «хозяин», «богатырь», а в переносном смысле — «господь». Второй компонент — «кул» — один из самых частых в тюркской антропонимии. Он означает «раб», «слуга», но в контексте имён почти всегда подразумевает «раб Аллаха», то есть человека, покорного Богу. Дополнительные оттенки — «товарищ», «спутник», «воин», «работник».

Составное имя Бабакул (и его форма Бобокул) — это не просто два слова, а цельное прозвище-пожелание. Оно соединяло уважение к старшему (отец, наставник) с религиозным смирением (слуга Божий). Так могли назвать мальчика в семье, где ждали покровительства свыше или хотели подчеркнуть его будущую роль в общине.

Фамилия Бобокуловы — памятник восточной культуры, но её точное происхождение привязать к одной местности сложно. Подобные имена бытовали у многих тюркских народов Средней Азии, поэтому фамилия могла сформироваться и в Узбекистане, и в Таджикистане, и среди других этнических групп. Окончательное время и место появления конкретной ветви рода можно установить только через глубокие генеалогические изыскания, например, по ревизским сказкам или метрическим книгам XIX века.