Фамилию Бобокова чаще всего выводят из прозвища Бобок — уменьшительной формы от «боб». Здесь два основных пути. Первый: прозвище могли дать человеку невысокого роста, полному, «круглому как боб», по аналогии с тем, как бобром или бобой в разных говорах называли упитанного, плотного человека. Второй, не менее вероятный: Бобок — это вариант прозвища Бобр, но с уменьшительным суффиксом -ок, то есть «маленький бобр» или «бобрёнок». В русских говорах слово «бобок» фиксируется и как название растения (бобовая трава), и как диалектное обозначение бобра, так что точное значение зависит от местности, где прозвище возникло.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Бобок добавили суффикс -ов, получилась форма Бобоков, а затем к ней — женский суффикс -а. То есть Бобокова — это «жена или дочь Бобокова». Мужской вариант, Бобоков, встречается реже, но именно он — исходный. По суффиксу понятно, что фамилия сформировалась в центральных и северных русских землях, где -ов — типичный патронимический суффикс, а не в южных или западных регионах с их -енко или -ук.

В ономастических источниках фамилия не из частых. Словарь Б. Унбегауна прямо её не упоминает, но модель «прозвище на -ок + -ов» он разбирает на примерах вроде Губоков, Котоков. Встречаемость Бобоковых выше в Поволжье и на Урале — в переписях XVIII–XIX веков такие фамилии попадаются среди крестьян и мещан. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, не дворянами: фамилии на -ов от прозвищ, а не от канонических имён, в дворянской среде редки.

Спорный момент: иногда Бобокову пытаются связать с тюркским словом «бобо» — «дед, предок», но это натяжка. Фамилия звучит по-русски и имеет прозрачную славянскую основу, тюркская версия не подкреплена ни географией бытования, ни словообразованием. Если и есть тюркский след, то лишь в том, что прозвище Бобок могло быть дано русскому человеку, жившему в смешанной среде, но сам корень остаётся русским.

Итого: Бобокова — фамилия-прозвище от круглого, плотного человека или от бобра. Простая, крестьянская, без сложной истории.